Kawasan Taka Bonerate mulanya ditetapkan sebagai cagar alam laut pada tahun 1989 berdasarkan SK Menteri Kehutanan No. 100/Kpts-II/1989, yang selanjutnya sebagai Taman Nasional Laut pada tahun 1992 dengan SK Menteri Kehutanan No.280/KPTS-11/1992 tanggal 26 Pebruari 1992, dengan luas kawasan 530.765 ha .

Untuk melakukan pengelolaan kawasan Taman Nasional maka dibentuk sebuah unit pengelola teknis pada tahun 1997 dengan SK Menteri Kehutanan No : 185/Kpts-II/1997 tanggal 31 Maret 1997. Dan sejak tanggaal 10 Juni 2002 berubah menjadi Balai Taman Nasional Tipe C setingkat Eselon III, sesuai dengan SK Menhut No. 6186/Kpts-II/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Taman Nasional.

Hal ini dimaksudkan untuk mengakomodasikan berbagai kepentingan pembangunan tetapi masih tetap berlandaskan pada asas konservasi sumberdaya alam.

Beberapa kepentingan yang mendapat perhatian dalam upaya pengelolaan Taman Nasional Taka Bonerate antara lain adalah aspek perlindungan proses ekologis penunjang kehidupan dan tata lingkungan bahari, pelestarian sumber genetika, pariwisata, perikanan, perhubungan dan aspek sosial ekonomi masyarakat dalam kawasan.