Adapun sasaran dan terget dari pengelolaan Taman Nasional Taka Bonerate adalah :
Memantapkan kelembagaan dan pola pengelolaan yang transparan, terpadu, efisien dan dinamis
Menjamin proses ekologis penyangga kehidupan, terpeliharanya keragaman hayati dan ekosistem serta terkendalinya pemanfaatan sumber daya alam hayati melalui integrasi aspek konservasi dan ekonomi
Membangun kemitraan dan partisipasi seluruh stakeholder untuk meningkatkan efektifitas pengelolaan
Meningkatkan kesejahteraan masyarakat melalui penciptaan mata pencaharian alternatif yang ramah lingkungan
Mendukung upaya peningkatan kualitas hidup dan kesejahteraan masyarakat dalam menjaga kesinambungan lingkungan hidup dan ekosistemnya
