Flora dan Fauna Darat

Hasil penelitian Tim Zonasi PSTK Unhas (2001), dengan metoda Mueller-Dombois dan Ellenberg (1974), penyebaran geografis spesies-spesies tumbuhan yang ada pada pulau-pulau di dalam kawasan Taman Nasional Taka Bonerate dapat dibedakan menjadi 3 kelompok. Kelompok pertama, adalah spesies-spesies yang ditemukan pada seluruh pulau. Spesies-spesies tersebut antara lain Euphorbia pseudochamaesyce, Ipomoea pescaprae, famili Asteraceae, Scaevolla taccada, dan beberapa spesies rumput. Kelompok kedua, adalah spesies-spesies yang ditemukan pada pulau-pulau yang berada pada bagian Timur dan Selatan kawasan. Spesies-spesies tersebut antara lain Pemphis acidula , famili Lythraceae, Tourneforti argentea , dan Ipomea tuba . Kelompok ketiga, adalah spesies-spesies yang pola penyebarannya tidak beraturan.

Beberapa spesies tanaman budidaya yang banyak dikembangkan oleh penduduk dan tumbuh dengan baik di semua pulau yang berpenghuni adalah pepaya ( Carica papaya ), ubi jalar ( Ipomoea batatas ) dan jagung ( Zea mays ). Sebagai tanaman pagar di ladang seperti kelor ( Moringa oleifera ), turi ( Sesbania grandiflora ), dan kayu jawa ( Lannea grandis ), Lamtoro ( Leucaena leucocephala ), pohon asam ( Tamarindus indica ), labu manis ( Cucurbita pepo ), dan sorgum ( Andropogon sorghum ).

Untuk jenis fauna diklasifikasikan atas fauna burung, bukan burung dan hewan peliharaan. Jumlah jenis Burung Di seluruh kawasan ditemukan 33 spesies burung, terdiri dari 11 spesies burung darat (didominasi oleh jenis Nectarinia sp., Lonchura malacca, Merops ornatus, Zopterops chloris), 13 spesies burung pantai (didominasi oleh jenis Numenius minutus, Tringa totanus, Charadrius peronii, dan Arenaria interpres) , dan 9 spesies burung laut (didominasi oleh jenis Fregata ariel, Haliaeetus leucogaster, Sterna sumatrana dan Puffinus pacificus).